Il nonno vuole parlare con Tommy, un meccanico indiano della tradizione Cherokee, sembra preoccupato, ma allo stesso tempo rilassato e rassicurante, mentre farnetica delle frasi che il nipote stenta a capire. Insieme arrivano al bar dove ad attenderli c'è Jen che lavora servendo cibo e bevande ai clienti.

Tommy da un po' di tempo è irrequieto, vorrebbe andare via da quella riserva indiana in cui è confinato dalle sue origini e dall'amore che prova per Jen. Una brutta serata quella alla stazione di servizio: alcuni apprezzamenti troppo spinti rivolti a Jen fatti da due balordi mezzi ubriachi al bar, scatenano l'ira di Tommy che trasforma le sue mani di abile maccanico in quelle di un assassino. Pochi istanti dopo, quella che sembra una serata da dimenticare, diventa un vero e proprio inferno.
Suoni assordanti e luci verdi preannunciano l'inizio della -dis-avventura di Tommy, di suo nonno e della sua amata Jen che li vede catturati e trasportati in un mondo diverso e spaventoso, su di un' entità aliena volante che vive e reagisce alle sollecitazioni dei suoi "ospiti". La trama di Prey non si basa esclusivamente su eventi fantascientifici, il gioco è infatti pieno di riferimenti al soprannaturale che ben si sposano con il contesto principale del gioco. Senza anticiparvi null'altro sulla trama, è importante sottolineare la tragicità di questa e di come Tommy nel suo impervio cammino incontra tragedia, miscredenza e rivelazioni di carattere spirituale prima di trovare la giusta via di fuga da quell'incubo.